股东协议作为一种有别于公司章程、股东会决议的公司自治机制，因其所特有的灵活性、隐秘性等优势在我国公司治理实践中得到了广泛的适用。川恒律所表示自现代意义上的公司诞生以来，公司法的发展趋势就是立法越加尊重股东的意思自治，即法律允许公司按照他们自己的意愿来安排自身事物、在公司制度的生成上按照自己的意愿行使权力．这赋予了股东在特定的约束下为了自己的利益设计属于相应公司制度的权利。

股东协议与公司法冲突如何处理？

股东协议是公司成立的基本前提，它明确了股东各方的权利义务，是合作各方合意的原始依据。没有合作协议，公司就成了无源之水、无本之木，就如同没有地基的楼房，随时都有可能因合作各方责任不清及利益分配上的问题而坍塌。因此协商确定完备合理的合作协议是设立公司过程中的关键。

公司章程是公司自治性质的根本规则，可以说是公司法人的“根本大法”，规定了公司一切重大问题的处理原则和解决方式。但合作协议亦是对各方均有约束力的重要规范，且是设立公司的前提。在协议与章程冲突的情况下，究竟应优先适用谁呢?

川恒律所表示股东协议的应用与单一的传统的公司章程形式无法适应公司的不同类警经营管理需求有关,同时能够体现自由,效率,公平等多元价值,其存在具有一定的合理性.可以用公司的事实承认等方法来解释股东协议的合法性,并为之设定生效的条件,防止权力滥用,股东协议在公司内部形成之后是否有效,应当遵循股东协议中当事人的意思,并尊重公司章程效力的优先性.

股东协议效力相关法律规定

《合同法》第四十四条 依法成立的合同，自成立时生效。

第四十五条 当事人对合同的效力可以约定附条件。附生效条件的合同，自条件成就时生效。附解除条件的合同，自条件成就时失效。当事人为自己的利益不正当地阻止条件成就的，视为条件已成就;不正当地促成条件成就的，视为条件不成就。

第四十六条 当事人对合同的效力可以约定附期限。附生效期限的合同，自期限届至时生效。附终止期限的合同，自期限届满时失效。

第四十七条 限制民事行为能力人订立的合同，经法定代理人追认后，该合同有效，但纯获利益的合同或者与其年龄、智力、精神健康状况相适应而订立的合同，不必经法定代理人追认。相对人可以催告法定代理人在一个月内予以追认。法定代理人未作表示的，视为拒绝追认。合同被追认之前，善意相对人有撤销的权利。撤销应当以通知的方式作出。

第四十八条 行为人没有代理权、超越代理权或者代理权终止后以被代理人名义订立的合同，未经被代理人追认，对被代理人不发生效力，由行为人承担责任。

相对人可以催告被代理人在一个月内予以追认。被代理人未作表示的，视为拒绝追认。合同被追认之前，善意相对人有撤销的权利。撤销应当以通知的方式作出。

第四十九条 行为人没有代理权、超越代理权或者代理权终止后以被代理人名义订立合同，相对人有理由相信行为人有代理权的，该代理行为有效。

第五十条 法人或者其他组织的法定代表人、负责人超越权限订立的合同，除相对人知道或者应当知道其超越权限的以外，该代表行为有效。

第五十一条 无处分权的人处分他人财产，经权利人追认或者无处分权的人订立合同后取得处分权的，该合同有效。

川恒律所表示虽然我国立法上没有肯定“股东协议”这一概念，但是不论是从文义上还是从体系上而言，《公司法》都为股东协议预留了空间。虽然股东协议在法律性质上应被认定为一种合同．但是该协议的效力认定并不能完全采纳合同效力认定的思路。其一方面忽略了立法对股东协议组织性的肯定．另一方面如果我们完全以合同的视角来认定股东协议效力，由于有限责任公司股东协议在内容上具有极大的自由度，导致协议的类型亦是非常多样，股东协议的组织属性也因股东协议内容不同而程度不一， 因此需要根据具体有限责任公司股东协议的内容采取不同的效力认定路径。